대학 재정 건전화를 위한 과세특례 적용 여부

학교법인이 직접 출자하여 설립한 법인이 아닌 경우에는 해당 법인이 학교법인에 출연하는 금액에 대하여 대학 재정 건전화를 위한 과세특례 적용이 불가함

[회신] ｢고등교육법｣에 따른 학교법인이 100% 출자하여 설립한 A법인이 다시 100% 출자하여 B법인을 설립한 후 해당 학교법인이 A법인으로부터 B법인의 주식을 전부 인수하여 B법인이 학교법인의 완전자법인이 되는 경우, B법인이 해당 학교법인에 출연하는 금액에 대하여는 ｢조세특례제한법｣ 제104조의16제4항에 따른 과세특례를 적용할 수 없는 것임 1. 질의내용 ○ ｢고등교육법｣에 따른 학교법인이 100% 출자하여 설립한 A법인 이 다시 100% 출자하여 B법인을 설립한 후 - 해당 학교법인이 A법인으로부터 B법인의 주식 을 전부 인 수하여 B법인이 학교법인의 완전자법인이 되는 경우 - B 법인이 완전모법인인 학교법인에 출연한 기부금에 대하여 ｢조세특례제한법｣ 제104조의16제4항 에 따른 과세특례 적용이 가 능한지 여 부 2. 사실관계 ○ ｢고등교육법｣에 따른 학교법인 ◇◇학원은 100% 출자하여 자회사 A법인을 설립하였으며, A법인이 다시 100%를 출자하 여 B법인을 설립하였음 ○ ◇◇ 학원은 A법인으로부터 B법인 주식을 100% 인수 후 완전자법인인 B법인으로부터 기부금을 지급받음 3. 관련법령 ○ 조세특례제한법 제104조의16 【대학 재정 건전화를 위한 과세특례】 ① 「고등교육법」에 따른 학교법인이 대통령령으로 정하는 수익용 기본재산(이하 "수익용 기본재산"이라 한다)을 양도하고 양도일부터 1년 이내에 다른 수익용 기본재산을 취득하는 경우 보유하였던 수익용 기 본재산을 양도하여 발생하는 양도차익은 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입하지 아니할 수 있다. 이 경우 해당 금액은 양도일이 속하는 사 업연도 종료일 이후 3년이 되는 날이 속하는 사업연도부터 3개 사 업연도의 기간 동안 균분한 금액 이상을 익금에 산입하여야 한다. ② 제1항을 적용받은 학교법인이 다른 수익용 기본재산을 취득하지 아니 하는 경우에는 해당 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액 을 계산할 때 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 익금에 산 입한다. 이 경우 익금에 산입하는 금액은 제33조제3항 후단을 준용한다. ③ 제1항과 제2항을 적용하는 경우 양도차익명세서의 제출, 그 밖에 필요 한 사항은 대통령령으로 정한다. ④ 「고등교육법」에 따른 학교법인이 발행주식총수의 100분의 50 이상 을 출자하여 설립한 법인이 해당 법인에 출자한 학교법인에 출연하는 금액 (이하 이 항에서 "학교법인 출연금"이라 한다)은 제1호의 금액에 서 제 2호의 금액을 뺀 금액을 한도로 손금에 산입한다. 1. 해당 사업연도의 소득금액( 「법인세법」 제24조 에 따른 기부금을 손 금에 산입하기 전의 소득금액을 말한다) 2. 「법인세법」 제13조제1항제1호 에 따른 결손금의 합계액 및 같은 법 제24조에 따른 기부금(학교법인 출연금은 제외한다)의 합계액